Fortis Türkiye Kupası 3. turunda 5'erli gruplardan oluşan takımlar, tek maçlı eleminasyon sistemiyle mücadele edecek. Gruplarında ilk iki sırada yer alacak 8 takım çeyrek finale yükselecek. Çeyrek final ve yarı final maçları ise çift maçlı eleminasyon sistemiyle oynanacak. Fortis Türkiye Kupası'nın 9 Mayıs 2007'de yapılacak olan final maçını kazanan takım ise, 3.5 milyon dolarlık ödülün sahibi olacak.

A Grubu

GALATASARAY
Karşıyaka
Bursaspor
Erciyesspor
Kayserispor

A Grubu'da maç takvimi ise şöyle;

25 EKİM ÇARŞAMBA
Galatasaray-Bursaspor
K.Erciyesspor-Karşıyaka
Kayserispor bay

8 KASIM ÇARŞAMBA
Kayserispor-K.Erciyesspor
Karşıyaka-Galatasaray
Bursaspor bay

17 ARALIK PAZAR
Bursaspor-Karşıyaka
Galatasaray-Kayserispor
K.Erciyesspor bay

20 ARALIK ÇARŞAMBA
K.Erciyesspor-Galatasaray
Kayserispor-Bursaspor
Karşıyaka bay

14 OCAK 2007 PAZAR
Karşıyaka-Kayserispor
Bursaspor-K.Erciyesspor
Galatasaray bay

Fortis Türkiye Kupası'ndaki diğer gruplar şöyle:

B Grubu

Trabzonspor
Eskişehirspor
Ankaraspor
Konyaspor
V.Manisaspor

C Grubu

Fenerbahçe
İnegölspor
İstanbul B. Bld.
Gaziantepspor
Sivassspor

D Grubu

Beşiktaş
Bucaspor
Ankaragücü
Ç.Rizespor
Gençlerbirliği