eMule'un çalışma zamanı süresince oldukça çok dosya kullanılır veya ilk çalıştırılmasında oluşturulur. Bunların bir çoğu eMule'un config klasöründe oluşturulur, diğerleri Seçenekler'de belirlenen geçici dizinlerde veya doğrudan eMule'un kurulum dizininde bulundurulur.

Known.met Known.met dosyası, paylaşılan veya şu anda indirme listesinde olan tüm dosyaları eMule'un bilmesi için saklar. Dosya boyutu, dosya adı, adresleme grubu, adresleme değeri ve bazı istatistikler gibi her dosya bilgisini saklar.

Clients.met Bu dosya eMule'unuz ile tüm kullanıcıların sahip olduğu kredileri saklar.

Server.met Bilinen tüm sunucuları içerir.

Emfriends.met Eğer kullanıcılar arkadaşlar listesine eklenirse bu dosya da depolanır.

Preferences.ini Seçenekler iletisindeki tüm seçenek gruplarını ve sütun boyutu vs. gibi görsel ayrıntılar hakkında bilgileri saklar.

Fileinfo.ini Kendi paylaşılan dosyalarınız için Yorum veya Beğenilme Oranlarını saklar.

Category.ini İsim, yorum ve renk kodlaması gibi kategoriler'inizin ayarlarını depolar.

Ipfilter.dat Bu dosya IP Süzgeci tarafından süzülen IP aralıkları ve erişim seviyelerini içerir. Aynı zamanda Seçenekler -> Güvenlik'e bakın

Onlinesig.dat Online Signature, eMule'un bağlandığı sunucuyu, gönderme ve indirme istatistiklerini içeren küçük bir dosyadır. IRC programcıkları (script) ve imza imajları tarafından kullanılabilir.

Preferences.dat Kullanıcı adreslemesini saklar. Bu, eMule'un ilk çalıştırılmasında hesaplanan bir değerdir ve ağ içinde bu istemciyi tanıtmak için kullanılır. Kredi sistemi ve arkadaşlar için kullanılır. 

Sharedir.dat Paylaşılan tüm dizinlerin yolunu tutar.

Staticservers.dat Statik sunucular IP'lerini asla değiştirmez ve teorik olarak her zaman ağ içinde çevrimiçidirler. Bu sunucular, sunucu listesinin içerik menüsünden (sağ fare tuşu) staticservers.dat dosyasına eklenebilir. Aynı zamanda Seçenekler -> Sunucu'ya bakın

Addresses.dat eMule başlangıçta bu dosya içinde sağlanan server.met'ler için geçerli adreslerle sunucu listesini günceller. Seçenekler -> Sunucu'da bu listeyi düzenlemek için düğme ve başlangıçta güncellemek için seçenek bulunur. Ayrıca bu dosyada zaten adres(ler) bulunuyorsa Sunucular sekmesinde Server.met'i URL'den Güncelle alanına adres yazmadan Güncelle düğmesine basarak server.met dosyası güncellenebilir. Dosya birden fazla adres içerebilir (her satırda bir tane) ama geçerli server.met dosyasını almak için her zaman ilk adresten başlanır.

AC_SearchStrings.dat Kullanılan her arama dizgisi kaydedilir ve eğer yeni arama öncekiyle eşleşirse otomatik-tamamlama sağlanır.

AC_ServerMetURLs.dat Yukarıdaki dosya ile aynıdır. Tek fark bunun server.met dosyasını güncellemek için girilen URL'yi yeniden kullanmak için depolamasıdır. Server.met'lerin adreslerini bir çok sitenin düzenli olarak değiştirdiğini düşünün.

Cryptkey.dat İstemcinizin benzesiz 384 bit özel RSA anahtarını içerir

eMule.tmpl *.tmpl dosyaları Web Arabirimi için gerekir. Bunlar görüntülenen sayfaların seçeneklerini ve düzenini tanımlar.

xx.part Parça dosyaları bitmemiş indirmelerdir. eMule aynı anda birden fazla kullanıcıdan indirebilir, bu yüzden *.part dosyaları her zaman bitmiş indirmenin boyutuna sahiptir. Eksik parçalar sadece sıfırlarla doldurulur. En son sürümde ve NTFS dosya sistemi kullanıldığında, sıfırlarla doldurmayı engelleyen ve bunu yaparak daha çok dosya alanı kazandıran, tamamlanmamış dosyaları 'seyrek' olarak paylaş seçeneğini etkinleştirebilirsiniz.

xx.part.met Her *.part dosyası *.part.met dosyasıyla ilişkilendirilir. Ağ içinde indirmeyi tanıtmak ve hatasını kontrol etmek için her indirme 9 MB'lık parçalara bölünür. Her parça için sözde adresleme değeri hesaplanır. Ondan sonra parça adreslemelerinin tam grubunun adresleme değeri oluşturulur. Dosya adı ile birlikte bu bilgi ve adreslemelerin durumu *.part.met dosyası içinde depolanır.

xx.part.met.BAK Çökme yüzünden bu dosyaların bozulması çok kötü olacağından *.part.met dosyalarının yedeklemesi oluşturulur. Eğer indirmeleriniz *.part.met dosyalarının bozulmasından dolayı ortadan kayboluyorsa, yardım için Sorun Giderme'ye bakın.

eMule.log Eğer Seçenekler -> Genişletilmiş'de uygun seçenek açılırsa, Sunucular sekmesinde Günlük penceresinin çıktısını saklar.

eMule_Debug.log Eğer Seçenekler -> Genişletilmiş'de uygun seçenek açılırsa, Sunucular sekmesinde Hata Ayıklama penceresinin çıktısını saklar.